南京市食品藥品監督管理局于2001年8月，在原市醫藥管理局和衛生局藥政處基礎上組建和正式掛牌成立，增加食品安全綜合監督等新職能。根據相關規定，江蘇省南京食品藥品監督管理局由省以下垂直管理機構改為市政府工作部門，并更名為南京市食品藥品監督管理局，承擔餐飲服務、藥品、醫療器械、保健食品和化妝品安全監管的責任。

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